Czas odmierzany jest przez specjalizowany układ RTC (Zegara Czasu Rzeczywistego) PCF8583. Układ ten oprócz odmierzania czasu, generuje impulsy o częstotliwości 1Hz zliczane przez sterownik. Po odliczeniu 5-go impulsu sterownik przerywa wykonywanie bieżącego zadania i przechodzi do akwizycji danych pomiarowych, następnie ustawia odpowiednie stany logiczne na wyjściach, powraca do przerwanego zadania i rozpoczyna odliczanie kolejnej piątki. Pozwala to na pewnego rodzaju "multitasking" - niezależnie od realizowanego zadania - sterowanie elementami podłączonymi do sterownika odbywa się zawsze w tle. Nie ma zatem obawy że pozostawiony w Menu sterownik zagotuje wodę w akwarium czy zagazuje rybki. Co 5 sekund SKALAR sprawdza stany wszelkich podłączonych urządzeń i odpowiednio do wprowadzonych ustawień, zmienia je.

Zegar podtrzymywany jest na wypadek zaniku zasilania baterią litową 3V (identyczną jak w płytach głównych komputerów). Trwałość baterii, na podstawie zużycia energii przez układ RTC ocenia się na lata..

Po wejściu do Menu - Zegar, można dokonać nastawy czasu przy pomocy klawiszy strzałek. Aktualnie ustawiany parametr (godzina, minuty) zostaje ujęty w klamry, Np w czasie ustawiania godzin wyświetlacz wskazuje >12<:00. Po zatwierdzeniu wybranej godziny klawiszem SET symbole klamry zamienione zostaną na chwilkę na symbol *12*:00 i sterownik przejdzie do ustawienia minut. Jeżeli w tym momencie naciśniety zostanie klawisz ESCAPE - godzina nie pozostanie zmieniona.

Po ustawieniu minut - zatwierdzamy klawiszem SET - nowy czas zostanie zapisany do układu RTC w przeciągu max. 5 sekund - co wynika ze specyfiki działania algorytmu SKALARA